隧道A線段從長興島至崇明島，長約8237米，采用泥水平衡盾構法施工，線路起始于長興島北工作井，線路走行在長江大橋東側，與長江大橋基本平行。線路穿越長興島北子江堤、長江北港水域、崇明島主江堤后上行接入崇明島工作井。